再現可能性のすゝめ

データ解析とレポート作成の再現性を高めよう。その先には、ボスの笑顔が待っている。 RStudio を使いこなそう。その先には、旨いお鮨が待っている。 R マークダウンをマスターしよう。その先には、明るい未来が待っている。 本書は R による再現可能なデータ解析とレポート作成を身につけるための一冊である。 R がデータ解析のデファクトスタンダードとなった現在,R の使い方や R によるさまざまなデータ解析手法についての情報は数多く入手できる。しかしどれだけ立派なデータ解析であっても,結果が再現できなかったり,間違いだらけだったり,時間がかかりすぎて完成しなかったりしたら,価値は半減である。 本書では RStudio と R マークダウンについての解説を通して,再現性と信頼性を高め効率を上げるような「データ解析とレポート作成というプロセス」について解説している。データ解析に携わるすべての人に,再現可能性の意義を学び,RStudio と R マークダウンによる再現可能なデータ解析とレポート作成を日々の習慣としてほしい。 Chapter 1 再現可能性のすゝめ 1.1 アドホックなデータ解析とその問題点 1.2 R スクリプトの導入とその問題点 1.3 再現可能なデータ解析とその問題点 1.4 R マークダウンによる再現可能なレポート作成 1.5 再現可能なデータ解析とレポート作成のメリット Chapter 2 RStudio 入門 2.1 RStudio とは 2.2 RStudio のダウンロードとインストール 2.3 はじめての RStudio 2.4 まずは RStudio を動かしてみよう 2.5 RStudio での作業パターン 2.6 タブの紹介 2.7 ツールバー 2.8 メニューバー 2.9 Windows での日本語の利用 Chapter 3 RStudio による再現可能なデータ解析 3.1 R スクリプトによる解析 3.2 はじめて R スクリプトを使うためのチュートリアル 3.3 プロジェクト機能を利用する 3.4 データの読み込みの自動化 3.5 解析結果の保存の自動化 Chapter 4 RStudio による再現可能なレポート作成 4.1 再現可能なレポートづくりを目指そう 4.2 R マークダウンによるレポート作成:最初の一歩 4.3 コードの記述と動作の制御 4.4 ドキュメントの記述 4.5 YAML ヘッダによるレポートのメタデータ設定 4.6 レポート作成の実行 4.7 R マークダウン編集サポートツール 4.8 R スクリプトからレポート作成 Chapter 5 R マークダウンによる表現の技術 5.1 さまざまな形式のレポート作成 5.2 bookdown による書籍の作成 5.3 flexdashboard でエッセンスを伝える 5.4 htmlwidgets によるインパクトのある可視化 5.5 表を極めるー正確さと効率の両立 5.6 文献目録の作成 Chapter 6 再現可能性を高める 6.1 バージョン管理システムによる解析プロジェクトの管理 6.2 再現できる環境づくり:packrat 編 6.3 パラメータ付き R マークダウン 6.4 R 以外の言語エンジンの利用 6.5 外部の R マークダウンと R スクリプトの読み込み 6.6 R マークダウンで後ろ向き参照 Chapter 7 RStudio を使いこなす 7.1 RStudio のオプション 7.2 コード補完機能 7.3 コードスニペット 7.4 コードの診断 7.5 RStudio によるデバッグ 付録 A マークダウン記法 付録 B チャンクオプション 索引