再現可能性のすゝめ(サイゲンカノウセイノススメ)

データ解析とレポート作成の再現性を高めよう。その先には、ボスの笑顔が待っている。
RStudio を使いこなそう。その先には、旨いお鮨が待っている。
R マークダウンをマスターしよう。その先には、明るい未来が待っている。

本書は R による再現可能なデータ解析とレポート作成を身につけるための一冊である。
R がデータ解析のデファクトスタンダードとなった現在,R の使い方や R によるさまざまなデータ解析手法についての情報は数多く入手できる。しかしどれだけ立派なデータ解析であっても,結果が再現できなかったり,間違いだらけだったり,時間がかかりすぎて完成しなかったりしたら,価値は半減である。
本書では RStudio と R マークダウンについての解説を通して,再現性と信頼性を高め効率を上げるような「データ解析とレポート作成というプロセス」について解説している。データ解析に携わるすべての人に,再現可能性の意義を学び,RStudio と R マークダウンによる再現可能なデータ解析とレポート作成を日々の習慣としてほしい。
Chapter 1 再現可能性のすゝめ
1.1 アドホックなデータ解析とその問題点
1.2 R スクリプトの導入とその問題点
1.3 再現可能なデータ解析とその問題点
1.4 R マークダウンによる再現可能なレポート作成
1.5 再現可能なデータ解析とレポート作成のメリット

Chapter 2 RStudio 入門
2.1 RStudio とは
2.2 RStudio のダウンロードとインストール
2.3 はじめての RStudio
2.4 まずは RStudio を動かしてみよう
2.5 RStudio での作業パターン
2.6 タブの紹介
2.7 ツールバー
2.8 メニューバー
2.9 Windows での日本語の利用

Chapter 3 RStudio による再現可能なデータ解析
3.1 R スクリプトによる解析
3.2 はじめて R スクリプトを使うためのチュートリアル
3.3 プロジェクト機能を利用する
3.4 データの読み込みの自動化
3.5 解析結果の保存の自動化

Chapter 4 RStudio による再現可能なレポート作成
4.1 再現可能なレポートづくりを目指そう
4.2 R マークダウンによるレポート作成:最初の一歩
4.3 コードの記述と動作の制御
4.4 ドキュメントの記述
4.5 YAML ヘッダによるレポートのメタデータ設定
4.6 レポート作成の実行
4.7 R マークダウン編集サポートツール
4.8 R スクリプトからレポート作成

Chapter 5 R マークダウンによる表現の技術
5.1 さまざまな形式のレポート作成
5.2 bookdown による書籍の作成
5.3 flexdashboard でエッセンスを伝える
5.4 htmlwidgets によるインパクトのある可視化
5.5 表を極めるー正確さと効率の両立
5.6 文献目録の作成

Chapter 6 再現可能性を高める
6.1 バージョン管理システムによる解析プロジェクトの管理
6.2 再現できる環境づくり:packrat 編
6.3 パラメータ付き R マークダウン
6.4 R 以外の言語エンジンの利用
6.5 外部の R マークダウンと R スクリプトの読み込み
6.6 R マークダウンで後ろ向き参照

Chapter 7 RStudio を使いこなす
7.1 RStudio のオプション
7.2 コード補完機能
7.3 コードスニペット
7.4 コードの診断
7.5 RStudio によるデバッグ

付録 A マークダウン記法

付録 B チャンクオプション

索引